舞台是日本战国时代。生于代代都是平凡忍者家族的乱太郎，为了实现父母希望他成为一流忍者的愿望，而进入忍者学园就读。在那里，他遇见了贸易商的儿子新兵卫，以及战争孤儿雾丸。忍者学园的学生被称为忍者的蛋，简称“忍蛋”。在忍者学园里，有许多个性奇特的教师、难应付的女忍者、曾是谜样的天才忍者的学园长，以及忍犬黑木黑木存在。乱太郎三人组不管是上课还是考试都是状况百出，而且不知道为什么总是被卷入一堆麻烦事里。虽然距离一流的忍者的路仍相当遥远，但是忍者的每一天依然充满着许多乐趣！ 其实这部动画的大陆国语版（只有45集,每集分上下两个部分,有的上下部分是独立的两个故事,故拆开后有90集.网上所谓的92集全集其实是有两集重复的。不过大家可以把多余的两集看成奉送的特别版。