当乐堡Alex, Marty Gloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《 马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（煮挨重首领 Skipper, 智囊Kowalski, 最年轻的 Private和最疯狂的 Rico)已经回到了纽约中央动物园，并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务...