1999年10月19日，巨大陨石突然向地球飞来，落下并直接击中日本 涉谷，周围地区因此毁灭，伤亡惨重，称为“ 涉谷陨石事件”。7年后，涉谷仍未复兴，并持续封锁，灾难并未就此结束，因为一切才刚开始。陨石落下后，不明宇宙生物拟态成人类活动于城市中，不断杀害人类并繁殖，造成人们的恐慌。为了消灭这些被称为 异虫的生物，人类组成了一个秘密组织 ZECT。但由于异虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力“ 升时化”，ZECT一再战败。最后的希望只剩下未及完成的武装系统 假面骑士系统（Masked Rider System）。如果有能够装备这套系统，并运用自如的人出现，那么ZECT就能得到足够的力量和异虫对抗。某天，ZECT的实习队员 加贺美新，遇见了一个自称“ 行天之道，总司一切”（天の道を行き、総てを司れ!）的奇怪男子。异虫再度出没，ZECT队员们被逼入绝境。目睹苦战的同伴，加贺美决心要成为骑士从空中飞来的假面骑士“ Kabuto昆虫仪”，却飞到了忽然出现的天道手中。天道从童年时就得到的腰带与Kabuto昆虫仪联组在一起天道被独角仙外型的装甲服包住身体， 假面骑士Kabuto就此诞生。对于天道如此桀傲不驯的态度，加贺美感到惊愕对于一介平民，而非组织成员的天道，ZECT判定他没有资格成为Kabuto的装备者。天道总司能否凭自己一个人的力量守护一切？逐渐明朗化的世界真相又是如何？为了与隐藏在人类社会中的异虫战斗而结成的秘密组织。（实质是原虫创立的企图把全人类变为原虫的组织）最深部为ZECT和异虫双方的势力，严密保护关于拟态天道总司的绝密研究设施，“ 假面骑士系统”与“ 超越昆虫仪”的开发地。昆虫仪和 锥钻头轰炸者所拥有的特殊移动方法。