南方澳是日本在东南亚建立的第一座渔港，一哲从小生活在此。一哲母亲的故乡兰屿方言中，没有蝴蝶这个称呼，兰屿人称之为Babanalidu，意为“恶魔的灵魂”，统称往生者的“恶魔”和魂魄升天的“灵魂”组合而成。对一哲而言，蝴蝶的飘然纷飞就像他的灵魂一样。三年前，因为弟弟阿仁过失杀人，一哲 （ 曾一哲 饰）为了拯救弟弟阿仁 （ 程毓仁 饰）而顶替他入狱，他最恨的人，就是因和黑帮阿顺结怨，抛弃母亲任由她投海自尽，并带着弟弟逃到日本的父亲。一哲尤其反感父亲自以为是日本人，动不动就冒出日本话。一哲顶罪坐了三年监狱，原本以为出狱后能与女友相守，重新过日子的他，却被不堪回首的新仇旧恨纷扰着。一哲出狱后的一哲重回南方澳的家乡，内心充满着苦闷与恨意，身边只有不愿开口和现实沟通的爱人阿佩。阿佩虽不能释怀前男友对她的背叛，却也对一哲处处关心，对阿佩 （陈佩君饰）来说，一哲的出狱，原本是他们幸福的开始，然而一哲父亲和阿仁却在此时回来，因为父亲跟阿顺有生意上的往来，然而父亲的归来挑动了他们父子两代与仇家的敏感神经。因为就在一哲坐牢的日子里，仇家阿顺已经壮大到自立门户，并誓言对两家过去仇恨绝不善罢甘休。一哲父亲为了利益与阿顺做生意，却被其逮住机会狠狠将他及阿仁羞辱，而本有心学傀儡戏的阿仁计划与跛脚女友小龟 （ 詹正筠 饰）去过相对平稳的生活，而阿顺的手下却误杀了小龟，旧怨未了，新恨又生，两家长久累积的恩怨终于爆发。一哲对父亲逃亡感到不满，对母亲跳海感到悲愤，对冲动弟弟阿仁感到担忧，一哲身陷仇恨漩涡中无法自拔。之后一哲怒火中烧，决定刺杀阿顺。他先是拎着手枪去找父亲，在责骂他一番后，冷酷地射杀了他。然后他向人们展现了一连串的复仇场景。直到自己最终也被杀死在蝴蝶纷飞的墓地里 。