故事发生在清朝顺治年间。当时反清复明的思想还很坚固，以东林党为代表的南明势力一直是统治者不容忽视、力图铲除的对象。长沙作为南方重镇，远离京城，是一个极利于东林党人藏身的地方。宋莲生乃一江湖郎中，从南京来到长沙行医。第一日来到长沙城，就遇上了好些事情，让他很快地融入到长沙城的同时又不知不觉地陷入到种种是非当中。已成寡妇的范茹难产，全城无医可救。宋莲生临危受命。顷刻之间，分娩顺利，母子安全。宋莲生人品医术得到众人肯定，长沙城内各大药房都邀请他坐堂，令宋莲生很为难，只好谁都没答应。随后一来为了接近绣庄的无双，二来维持生计，就在绣庄门前开起了门诊。交往中绣庄内诸如洪三燕、二桃子等女子也逐渐改变了对他的看法。范家一直就与南明党私交甚密。不久，出于医德之心的驱使，宋莲生也被卷了进去，还被缉拿归案。范茹很是内疚，前往狱中探望宋莲生，不料却被无双、洪三燕撞见。对无双心仪已久的宋莲生一时间也无从解释，倒是洪三燕对宋莲生顿生爱意，只是后来遭其拒绝，痛心至极。无端端被转入南明党事件，还被关入大牢面临死罪，宋莲生虽身陷桃花却怎么也笑不出来，却只能无奈面对。幸好九芝堂老板万先生身为本地人，很是了解官员性情，为其想出脱身妙计。宋莲生方才得以保身。为了报答，宋莲生在九芝堂坐堂看病。岳宣曾是无双的救命恩人，因为急需大量伤药钱财和栖身之所。无奈之下只好暂住在绣庄。与无双的关系也日渐亲密。宋莲生难受却也无能为力。不久，洪三燕发现岳宣就是当日将其从匪徒中解救之人，激动之余更生爱慕之情，决意邀岳宣远走高飞，可岳宣并未赴约。先后遭到两个男人的拒绝，洪三燕只得以死了结，服药自尽。经过宋莲生急救，洪三燕起死回生。同时也让曾拒诊的闻世堂名声大跌。当地地痞齐大头与闻世堂联合起来试图挤垮九芝堂，并将宋莲生挖至闻世堂坐堂。绣庄内，岳宣始终游弋于两个女人之间，无双早已识破，却还是被宋莲生误会。一来为了不牵连九芝堂，二来对无双善待岳宣之事极其失望，宋莲生决定离开长沙城。途中忽然发现当地瘟疫即将蔓延至长沙。便即刻赶回，通知九芝堂大量进购药材，以备不时之需。可整个长沙城除了万先生外竟无人相信瘟疫一说。随后宋莲生又得知绣庄已被齐大头占为己有，便以瘟疫即将到来作赌，试图赎回绣庄。齐大头欣然答应。数日后，瘟疫果然在长沙传开，全城人心惶惶。九芝堂成为最抢手的药铺。为保证已患病者有药可用，宋莲生严格控制药材销售，万先生坚决支持宋莲生，还派人将药汤免费赠送于街头市民以防御瘟疫。疫情得以控制，知府收到旨意，得知圣上将赐堂号给此次疫情立下汗功的药房。此时九芝堂已名噪一时，获得圣上所赐堂号可谓众望所归。闻世堂的吴太医甚是着急，倒是其侄女如月想着通过齐大头卖符治病在社会引起负面影响，并与宋莲生劝人刺绣联系起来，从而达到令九芝堂名声受损的效果。果然在讨论圣上所赐堂号一事上，闻世堂占得了先机。不料，齐大头将矛头直接指向闻世堂。封号一事只好搁浅。正逢九芝堂药材已短缺，无双又患上重病。宋莲生只得求助于闻世堂。如月借机要挟宋莲生在药房争夺封号一事上倒戈，并进而要其重金偿还药钱，无力偿还，宋莲生只好被驱逐出了长沙城。被放逐后，宋莲生只身踏上了返回南京的路。无双也无心留在长沙城，带上二桃子也朝老家南京前行。因一场误会又与宋莲生相遇了。途中，遇上一自称为大福子的人，不停的招惹事端。宋莲生很反感他，无双却觉得此人甚是可爱，便邀其一同前行。后来才知道此人乃当今圣上，并接到圣上旨意，特批于长沙城开设九芝堂药房。