故事是发生在前作《 初音岛Ⅱ》剧情结束的20年之后，初音岛风见学园的非官方新闻部向官方新闻部发起了挑战，为了让毕业祭特刊更加受到欢迎，部长森园立夏决定以魔法主题，前往调查“永不凋零的樱花树”的当晚，樱花树瞬间盛开了，于此同时，一封内容奇怪、发件人不明的手机邮件，同时送到了官方新闻部的每一个成员的手机上，就这样，男主角芳乃清隆和五位少女开启了一段奇异而又温馨的故事。