很久以前，在无人居住的山里建立了人类最新的研究中心。某一天，用于研究的主计算机（main computer）突然产生了自我意识并失控暴走。人类历经千辛万苦，终于阻止了这次暴走，重新恢复了和平……表面上看是如此。 回归平静生活的人们，为了预防敌人再次失控来袭，准备了巨大的机器人（萝卜），并挑选出战士进行训练。终于，那一天到来了。 站在来袭敌人面前的队伍，正是特命战队Go Buster！他们的战斗，此刻正式打响！