森林大火，当地两名警官被袭击，外星反叛者伪装成老警官模样混迹人群。老警官的儿子比利三年前因外星绑架事件同穆德（David Duchovny 大卫·杜楚尼 饰）、斯科莉（Gillian Anderson 吉莲·安德森 饰）相识，他约见二人寻找消失的副官。两人经初步调查，发现副官及其妻子皆曾被外星人绑架。认定此事与外星反叛者有关。 另一方面，癌人生命将尽，为找到外星飞船，他释放了关押在突尼斯监狱的K（Nicholas Lea 尼古拉斯·李 饰）。联邦调查局内部不满意穆德的形式方式，调派K接替X档案的工作。为保护斯科莉不再遭遇绑架，穆德只得同Skinner（Mitch Pileggi 饰）私下前往森林调查……