背景发生在2100年，故事开始时，一个叫魔法之门的服务器遭到来自外太空的电脑病毒入侵以致瘫痪，并企图征服全地球，守卫魔法之门的十三个网络骑士当中十二个受病毒操控，主角的弟弟被困，于是主角健与最后一名网络骑士并肩作战，唤醒了所有网络骑士。 经过连场激战后，电脑病毒实体化，然而由于健的努力最后被消灭。