时间是昭和119年，地点是断断续续收到宇宙人攻击的地球。世界各国同心协力对看宇宙人，但科技相差甚远，连对方的眼镜娘身份和侵略目的都没有掌握。反应一直慢半拍的日本，在这次世界性的反抗外星人的风潮中有未能及时挺身而出，只有渐渐被世界孤立一途。 就在这时，一位伟大的女科学家如彗星版的出现了。他就是真田和美博士，她发明了次时代兵器——命名为“G－ON”，它能通过感应思春期少女的各种心情，透过眼镜星的能量会聚装置，将其具化为刀剑的形状。为了掌握少女的心情，日本政府设立了国立圣早川学院，集合来自各地的多愁伤感的少女。由于博士的主张，这间学校维持男女同校。然后真田博士担任学校的保健老师，防卫厅的鲸田担任校长，学生们虽然知道事情，但仍装作什么都不知道的兀自歌颂青春…… 女主角仓间悠纪，在跟外星人的战斗中与G－ON产生共鸣，被真田博士网罗到G－ON RIDER，成为第三名队员。而侵略者宇宙人，也不是什么恐怖残暴角色，而是三个可爱，低智的女孩，他们经营一家侵略承包公司，负责执行侵略任务，虽然他们让地球人苦于应付，但面对预算压力和时间压力，久攻不下的地球他们也是有苦难言。