レース中の事故から奇跡的に生還した島村ジョーは、サイボーグ手術を施され、不死身のサイボーグ009となっていた。加速装置を持つ彼は、同じくサイボーグとなった仲間たちと共に、世界の平和を脅かす敵を相手に今日も戦い続ける。 ギルモア博士が指揮をとるサイボーグたちの内訳は、天才赤ん坊で超能力者の001イワン、飛行能力を持つ002ジェット、高性能レーダー並の視覚能力と聴覚能力の003フランソワーズ。 全身隠し兵器の004アルベルト。怪力インディアンの005ジェロニモ。火炎放射能力の中華料理店店主006張張湖。自在な変身能力のいたずら小僧、007グレート・ブリテン。潜水能力を持つ008ピュンマ。 もともとは死の商人・ブラックゴースト団によって兵器として開発された彼らだが、人間兵器サイボーグとしての苦しみや悲しみを乗り越えながら、地球平和のため、その能力をフルに発揮。サイボーグXや黄金のライオン、幽霊同盟などの凶悪な敵の企みを粉砕していく！