ライオコンボイ達の戦いから数年後、歴戦の勇士ビッグコンボイは、サイバトロンのマスターコンピューター・ベクターシグマから新兵の教育係に任命された。彼に率いられた5人の新米戦士達を乗せた訓練宇宙船ガンホーは、訓練飛行で銀河辺境の惑星・ガイアへと向かう。そこは以前、ライオコンボイ部隊が行方不明となり、巨大な爆発が観測されていた。 彼らはそこで宇宙船のブラックボックスを発見するのだった。その中には、“人口惑星ネメシスの爆発で、宇宙に飛び散ったアンゴルモアエネルギーのカプセルを回収して欲しい” と、ライオコンボイからのメッセージが託されていた。ビッグコンボイ達はカプセルを探す旅へと出発するが、宿敵デストロン達もやはりカプセルを狙っていた。サイバトロンとデストロンの両者によるカプセル争奪戦が、今ここに始まる！