1999年，人类在月球上建立了Alpha基地，用于保护从地球运来的核废料，并且开展科学研究。一共有311名正式工作人员在Alpha基地供职。 1999年9月13日，灾难降临了。堆砌在月球上的核废料爆炸了，引起一系列连锁反应，月球在强大的冲击力下脱离了地球轨道，被抛向宇宙深处。 《太空传奇 1999》的故事由此开始。