恶灵骑士罗比·雷耶斯 （ 加布里埃尔·鲁纳 饰）遭遇了已逃离神盾局的“震波女”黛西·约翰逊 （ 汪可盈 饰），他们一起研究了一处科学设施中出现的“幽灵”。与此同时神盾局也在调查此事，他们发现了神秘的黑暗神书，一本对于人类来说难以消化的知识之书。之后在一次意外事故中，菲尔·科尔森 （ 克拉克·格雷格 饰）、罗比·雷耶斯和莱奥·菲茨 （ 伊恩·德·卡斯泰克 饰）消失了，特工梅琳达·梅 （ 温明娜 饰）转向霍顿·拉德克里夫博士 （ 约翰·汉纳 饰）寻求帮助，他们成功将被困的三人解救出来。拉德克里夫博士偷偷地制造了一个机器人艾达 （ 马洛里·詹森 饰），她有能力来阅读黑暗神书而不受到伤害，但在阅读黑暗神书时，艾达将自己的核心指令与黑暗神书中的知识融合起来。之后艾达单枪匹马将所有反对她的人用LMD （生命模仿替身）来替换掉并且将他们的思想上传至一个数字世界——框架 （Framework）。然而黛西·约翰逊和珍玛·西蒙斯 （ 伊丽莎白·亨斯屈奇 饰）此时还没有被替换，她们决定潜入艾达的框架并将被困在框架中的神盾局特工们解救出来。