舞台は、どこか不自然さを漂わせてはいるが、一見して平凡な現代日本の郊外を思わす町『キッショウ・シティ』。前世紀の大戦により朽ち果てた世界に残る、数少ないオアシスのひとつである。世界にはかつて、大戦中に作られた大型ロボットが多数存在したが、破滅的に長い戦争を経て完全な形で残っているものはなくなり、現存するのは様々なロボットの残骸をかき集めてカスタマイズした、異形のロボットばかり。大戦の遺物であるそれらは「レガシーズ」と呼ばれていた。 まやかしの平和を謳う町に、豊富な物資と隠された『秘密』を狙う恐るべき武装盗賊団が迫りつつあった。町の防衛軍司令であるシモン市長は、レガシーズを操るならず者五人を用心棒として雇い入れ、さらに、これまで封印されていた唯一の完全体ロボット兵器である『Ω99』――オメガ・ダブルナインを切り札に立ち上がる。ロボットへの搭乗は、メカそのものの『意思』によって行われ、『シンクロナイズ』した者だけが受け入れられるため、人々はそのパイロットを「シンクロナイザー」と呼んでいた。Ω99は最高レベルの操作スキルを要する極めて難易度の高いロボット。防衛軍の切り札Ω99が選んだシンクロナイザーとは、まだ町の危機すら知らない、ゲームのテクニックだけが取り柄のどこにでもいるような少年、ヤマトだった。