昼間の学校で存在を忘れ去られた用具や口伝が、この世に「不思議」を作り出すことで自分の存在の証を立てることを願うおばけとなって、夜に開校する「ミッドナイトホラースクール」で「不思議」の勉強をするという設定のアニメ。ストーリーはオムニバス形式。作中ではナスカの地上絵やネッシーなどは全てこの学校の卒業生の手による「不思議」であるとされている。 なお、生徒の名前は頭文字をアルファベットから一文字ずつ取っており（ミスターXは例外）、そのため生徒は26人いる。