西暦2062年、惑星探査を終えて地球に帰還した宇宙船は、地表を覆う核爆発を目の当たりにする。放射能汚染を避けるため宇宙船は沖縄近海の海底へと不時着。科学者のリュウ夫妻は、地球の再生を幼い娘アマミクとスーパーコンピュータ・メイザックシステムに託し、自らは冷凍睡眠へと入った。それから90年後、わずかに生き残った人類は汚染された地球を離れ、生体コンピュータが制御するバチスフェアでその余命を保っていた……。