纳布战役十年之后，此时银河系正处于一片混乱和动荡之中。在变节的前绝地杜库伯爵（ 克里斯托弗·李 饰）策动下，有几千个星系决定一起脱离银河系共和国独立，然而银河系共和国还不具备足够的军事实力来镇压这些分离主义分子，在武力不足的状况下，银河系共和国联合议会决定组成临时军队攻打分离主义份子，而其中的一名议员，也就是纳波星球前任女王帕德梅·阿米达拉（ 娜塔莉·波特曼 饰）却力排众意，极力反对这种以暴力对抗暴力的策略，因为这会引发银河系内大规模的争斗和屠戮，但并不是每个人都同意阿米达拉维护和平的决心，于是不断有人密谋刺杀阿米达拉以达到自己不可告人的目的。 　　 星球大战前传2：克隆人的进攻针对不断出现的分裂活动，议长帕尔帕廷召集绝地以及已经由女王退位成为议员的帕德梅商讨对策，此时已经升任为绝地武士老师的欧比旺·克诺比（ 伊万·麦克格雷格 饰）派出他的徒弟阿纳金·天行者（ 海登·克里斯滕森 饰），负责保护阿米达拉的安全。在护送阿米达拉前往安全避难所的路途中，一种青涩而微妙的感情开始在两个年轻人心里滋生，这种感情无疑将会动摇阿米达拉一向以天下为己任的处事态度，也将会挑战阿纳金作为杰迪武士必须恪遵的“无怒、无憎、无情”的不二誓。与此同时，为了彻查星际冲突的根源，欧比旺冒着生命危险深入到遥远的海洋星球卡米诺，他发现，这个一向被认为是蛮荒之地的区域已被人秘密开发，无数的克隆人试验正在紧锣密鼓地实行，克隆人大军正在组建，这一切甚至可能影响银河共和国的未来命运，星际战争已经箭在弦上，一触即发。不久，帕德梅、阿纳金和欧比旺·克诺比被卷入了分离主义运动的心脏吉奥诺西斯，目睹了克隆人战争的爆发 。在无数机器人军团的围攻之下，二百多人的绝地特遣队损失惨重，最后仅剩包括欧比旺、阿纳金在内的十几人生还。危机时刻，尤达大师率领克隆人军队及时赶到，击溃了分离组织在吉奥诺西斯的机器人军团。在与杜库伯爵的光剑对决中，欧比旺战败，阿纳金的右手也被砍掉，后来尤达大师出现，杜库不敌而选择了退逃。不久，杜库来到一个神秘西斯尊主身边恭敬汇报，声称一切如计划设计那样，克隆人战争开始了；而这一点也被尤达深深感觉到了，共和国正陷入一个很难预计的前景之中。无数克隆人士兵整装待发，登上欢呼者级强袭登陆舰，奔赴各自的战场。纳布湖畔，阿纳金带着他新换的机械右手，和阿米达拉举行了秘密婚礼，只有R2-D2和C-3PO两个机器人见证了这一切 。