15年前にタクシー運転手が殺害され、その妻・本間ゆき絵（余貴美子）がレイプされるという事件が起きた。捜査は捜査一課二班が担当しながらも、犯人と思われる武内（寺島進）は逃亡し、何の手がかりも無いまま時効成立の時を迎えようとしていた。 捜査一課一班の森（緒形直人）は田畑捜査一課長（橋爪功）から時効成立阻止のための助っ人として二班の捜査に参加するよう命じられる。普段はライバル関係にある二班への助っ人ということで、森は憮然としながらもこの事件に携わることとなった。この事件のカギを握っているのは、ゆき絵と犯人・武内との間に生まれた娘・ありさ（黒川芽以）。その事実を知っているはずの武内が第一時効の成立後に彼女との接触を試みるだろう、という予測の元に捜査は続けられる。しかし楠見（段田安則）は、森に事件とは全く関係のない判事の素行調査を命じる。森は不満を感じつつ判事の調査をするのだった。楠見の真意を測りかねたまま、森は新たに任ぜられたありさへの張り込みを続ける。変化のない日々が続き、とうとう第一時効成立の瞬間を迎える。ここからが本当の勝負と刑事たちは息巻くが、武内が現れる気配は全くない。焦りと疲労が極値に達する中で、森は何もできずに第二時効の成立を迎えてしまう。絶望感が漂う中に現れた楠見は、「第三の時効」の存在を明らかにする。