茫茫宇宙之中，雷普莉的飞船并没有返回地球。中途飞船突然出现意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离，坠落在一个阴冷黑暗的星球上。除了雷普莉以外，其他船员都死了，而残破的“主教”则被扔进了垃圾场。雷普莉在医生的救治下恢复了健康，并从他那里知道这里是费欧娜“复仇女神”161号行星，是地球的废弃矿井，已成为一个关押犯人的太空监狱。现在受管制的有25个双染色体的凶犯，他们以霍士为首领，有一个共同信仰的神，这才不会闹事。然而随着雷普莉的到来，犯人们似乎产生了骚动，所以当一个人被神秘杀害后，管理人员认为是犯人出事。但雷普莉却有不祥的预感。她从飞船上拿回了电脑芯板，并将主教找了回来，通过主教的程序了解了飞行记录。果然是异形的侵入导致了飞船出事，而现在它又跟着低温舱一起来到了复仇女神161号上。管理人员并不相信雷普莉所说的异形的一切，但恐惧马上变成了现实，异形已长成，开始到处出没，随意杀人。然而在施行精神管制的监狱没有一件武器可以用来对付异形，很快一半以上的人被杀。雷普莉感到身体不适，经过电脑的生物测试，可怕的事发生了：在她体内还有一只雌性异形正在成长。公司收到了报告，派人前来。这一消息让雷普莉更加紧张。她终于说服了人们不要消极等待公司来人，因为公司要的只是异形，而不是其他人的安全。在巨大的牺牲之后，异形终于在高温冷却后被炸成了碎片。面对赶到的派遣队，雷普莉并没有落入阴谋之中。她抓住已经破体而出的异形投入了高温熔炉与异形同归于尽。