电影的时间设定在恐龙大闹 圣地亚哥事件 四年后（ 第二部的事件四年后）。一名小男孩玩 滑翔翼不幸失踪在索纳岛上。他的父母富商保罗与前妻葛放辨劝阿曼达请求恐龙专家格兰特博士前往搭救。艾伦·格兰特博士（ 山姆·尼尔 饰）无论如何也不愿再返回那个鬼地方。虽然发下重誓，但现状不得不让他收回誓言。他的一项史前动物研究陷入资金紧张的窘境。而这时，富有的商人保罗·科比（ 威廉姆·H·梅西 饰）及其夫人阿曼达（ 蒂娅·里欧妮 饰）找到艾伦，邀请他作为向导带他们乘飞机前往 索纳岛观光。一方面酬劳颇丰，一方面又得知不用着陆小岛，好了伤疤忘了疼轿市巴的艾伦接受了他们的邀请。然而事情却朝相反的方向发展，他们的飞机最终迫降小岛。至此他才得知，原来科比夫妇来此的目的竟是为了寻找失踪的儿子。与此同时他还发现，经过八年的自然进化，恐龙中最聪明的速龙竟然拥有了自己赖以交流的语言。这一次他的探永对手不仅凶恶，而且更为狡猾 。