在TV版的大结局里，盖亚和 阿古茹联手用爆裂流线消灭了根源破灭天使佐格。之后，失去了光的我梦回到了城南大学继续念书，由于频频被别人认出自己是盖亚奥特曼而苦恼不已。一天，同伴借着观看他的奥特曼动作的名义将一个女孩介绍给了他。我梦虽然很无奈，但还是只能按照女孩的要求来做动作。但是我梦发现快要上课只能扔下女孩跑回了教室。由于在教室上使用电脑与PAL对话而被老师以为是走神，正当场面气氛变得很尴尬的时候，Team Flacon的队长米田乘着Fighter来到了学校，接走了我梦。米田队长解释说是石室指挥官紧急召集我梦去协助Team Marlin进行海洋调查。原来XIG之前探测到了在太平洋的8000米水下传来的神秘讯号，由于没法解读讯号，XIG才派出了Team Marlin进行调查，但是石室指挥官预料到事情不会那么简单，所以特意叫上了我梦协助调查。另一方面，远在美国的藤宫博也却遭到了多国的通缉，原因是之前安静了好一会的地底怪兽突然间再次出现惊吓到了人类，多国的G.U..A.R.D部队力主消灭怪兽，但是藤宫执意保护怪兽不被消灭，因此被多国G.U.A.R.D部队视作是危险人物而对他进行通缉。在日本KCB做节目的吉井玲子却坚信藤宫没有做错，极力为他辩护。看完新闻的藤宫走到窗口却以为看到了幻象，大量的破灭飞鱼巴依库赫横空飞过，藤宫感到非常不可思议，但是幻象很快消失了。藤宫挣扎着走到了岸边，拿出了蓝宝镯，只是早已失去了光。这时，幻象再次出现，藤宫看到了自己在海水中，藤宫忽然感到很难受，再加上之前受的伤，因此松开了蓝宝镯，看着它掉落下去。但是，他突然听到有人说阿古茹之光，已经消失了。藤宫转过身去发现是一个小女孩，还没来得及问太多，藤宫就因为受伤而晕倒了。另一方面，美国G.U.A.R.D部队搜寻藤宫家附近没找到他，而美国队员斯诺扎比刚想离去，就听到了后面有股奇怪的声音。那斯诺扎比转过身去，发现蓝宝镯已经由光环着升了起来，而斯诺扎比拿到了蓝宝镯，相信藤宫就在这附近。我梦和Team Marlin乘着探测潜艇Seiren号不断下沉，在海沟上方，横谷队长说要向XIG报告情况，因为继续下沉的话他们会与地面暂时失去联络，直到再次返回可联络范围内。在屏幕上，我梦又见到了许久不见的石室指挥官和敦子以及乔姬他们。我梦说自己是打算继续量子实验的，但话还没说完就被石室指挥官给打断了，但石室指挥官的话语激起了他的斗志。通话结束后，Seiren号开始前往海沟，而堤主任报告说还是没有找到藤宫，石室指挥官说怪兽频繁活动和海底讯号联系起来绝对不会那么简单，可能是新的危机。在下沉过程中，我梦他们意外见到了一阵抓痕，疑似什么巨大生物制造的，但是大家并没有继续理会，然而很快，副手报告说外压下降，有什么巨大的力量在开始运动。横谷队长坚持使用火炮进行攻击，我梦试图阻止却没有效果。