故事发生在一个叫Aegis 7的星球上，人类的采矿队伍在开发资源的同时发现了一座神秘的遗迹并把它完好的保留了起来。五个星期后星球上发生了一连串暴力袭击事件，大批矿工神秘失踪死亡。然而地球总部仍然决定把遗迹运送到地球，作为科学研究。Ishimura（石村）号太空飞船成为了负责这次任务的主要单位。动画和漫画中透露了遗迹和地球宇宙教会有着神秘联系，把宇宙宗教这个科幻流行元素加入了整个故事。而游戏也在受袭击后的石村号上展开。 主角Isacc Clark作为营救调查队的队长必须在这条死船上找到逃生的方法，并且调查事件的起因。