奥特曼们的故乡—— M78·星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品—— 奥特手镯，向着未知的 宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途，赛罗感受到有声音在召唤他，到达了一个未知的行星。在拯救遭遇巨型 机器人兵团蹂躏的行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。之后，通过与行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜的会面，赛罗奥特曼知晓了敌人的真正身份……操控谜一般的敌方军团的幕后黑手，是“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他建造强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！与岚一心同体的赛罗奥特曼，为了粉碎皇帝贝利亚的野心，和小治、艾美拉娜公主一同乘坐 宇宙飞船——皇家宇宙船，穿梭于浩瀚的宇宙之中！等待着向贝利亚银河帝国发起挑战的赛罗奥特曼和他的伙伴们的将会是终极决战。三人成为朋友并决定一起去寻找可以从恐怖的皇帝 凯撒贝利亚手中保护整个宇宙的 帕拉吉之盾。在向知道帕拉吉之盾、地下反抗贝利亚军的组织海贼请教时和他们的保镖红莲火焰不打不相识，因为同样是与贝利亚对抗所以成了同伴。此时再次被贝利亚军袭击，因为战场由特殊的磁场维持着平衡，空间硝基甲烷的海洋， 红莲火焰告诉了赛罗帕拉吉之盾在镜子之星，要去找二次元的子民，之后用全身的火焰引爆整片海洋让众人脱围。赛罗奥特曼等人脱险后来到了镜子星球， 赛罗奥特曼净化了已经成为了贝利亚的仆人的 镜子骑士。后又被贝利亚军袭击，镜子骑士出战迎敌， 赛罗奥特曼等人去地下神殿寻找帕拉吉之盾，将碎片放入放碎片的地方想找到帕拉吉之盾，结果什么都没发生。遗迹受到艾安隆的攻击崩塌， 赛罗奥特曼准备用掉最后一次变身机会救小治、艾美拉娜，被艾美拉娜阻止，岚将 奥特眼镜折叠成枪射击击碎巨石救了艾美拉娜和小直，但三人也走散，岚被贝利亚俘虏。贝利亚在岚眼前派出一百万台黑暗独眼巨人袭击 光之国，贝利亚为了发泄在怪兽墓场惨败在他手下的怨气而大肆嘲讽赛罗，夺走了奥特眼镜使岚不可以变成 赛罗奥特曼，使 赛罗奥特曼只可以眼睁睁地看着却不可以阻止贝利亚，给他带来强烈的 绝望感。期间 镜子骑士赶到救出 赛罗奥特曼，小治和艾美拉娜公主驾驶詹伯特夺回 奥特眼镜使岚变成 赛罗奥特曼摧毁了电脑，使其不可以再送黑暗独眼巨人去攻击 光之国。赛罗VS凯撒贝利亚、 镜子骑士VS艾安隆、詹伯特VS黑暗葛纳，双方展开了三对三的激烈决战。凯撒贝利亚和赛罗的战斗中凯撒贝利亚互角以上，使用凯撒贝利亚爪抵挡赛罗 头镖和赛罗飞踢，轻松躲过 艾梅利姆切割，发出 帝斯修姆光线将赛罗计时器光线打了回去并且重创赛罗，然后冲下去抢艾美纳尔矿石。詹伯特VS黑暗葛纳：黑暗葛纳紧追詹伯特，黑暗葛纳手可变化为鞭子将詹伯特牢牢捆住，吸取能量，黑暗葛纳将绳子抛出，詹伯特在地上滑行，正当他要彻底摧毁詹伯特时，身体里有和艾美纳尔矿石相同的能量的艾美拉娜公主突然离开，来到能源室，跳下能源井，让詹帕特的机能恢复并变成了战斗形态，小直操纵他。詹伯特将黑暗葛纳弹飞，黑暗葛纳被詹伯飞拳打飞，詹伯特向黑暗葛纳挥剑，黑暗葛纳却隐藏在一片黑暗之中，黑暗葛纳又从一片黑暗中出来，（黑暗葛纳可以随意出现于黑暗中，手可变成剑和鞭子）用鞭子缠住詹伯特，吸取能量， 光剑消失，詹伯特挥詹伯特之斧击杀了他，获得了胜利。