开始时，赛罗正在消灭剩余的贝利亚军团，之后，听到了一个神秘的声音，于是他马上就来到了地球。穿越时空时， 赛罗奥特曼的父亲奥特 赛文第一时间感应到了赛罗。之后，斯菲亚袭击了 SUPER GUTS的火星移民基地，但是此次驾驶阿尔法号出去迎击怪兽的就是赛罗奥特曼新人间体·大河望（ DAIGO饰演）。当影片进行到三分之一的时候，我们可以看到一个蓝色而高大的身躯，他就是 高斯奥特曼，但这次故事的舞台发生在另外一个次元世界里的一个正濒临灭绝的地球。赛罗奥特曼到达地球后，先后击落了三架为百特星人护航的战斗机，并被为了救小武而不顾生命的大河望感动，与他合为一体，只是面对怪兽古维拉的出现，大河却拒绝赛罗的变身请求，幸亏高斯奥特曼及时出现才将敌人打退。正当大河和春野武藏两人见面时，被突然出现的Team-U队长杏奈带去了地球防卫队，并被告知这个世界的现状。好景不长，百特星人重新派出了 古维拉和 哥美斯，这使变身后的武藏陷入了苦战。最后，赛罗和高斯即将胜利之时，百特星人的圆盘突然出现，将两只怪兽消灭，这才得知，地球已经被百特星人选做了实验的场地。第二天， 百特星人再次现身，并放出了影像，众人才得知原来曾经的传说英雄为了封印海帕杰顿耗尽了全部能量，变为了石像，而这时的海帕杰顿也已经破除封印而觉醒了。正当大河懊悔之时，赛罗劝说大河，使得大河终于变身成为了 赛罗奥特曼。U队的队员和小武找到传说中战士的变身器之后，将它交给了杏奈队长。赛罗召唤出究极铠甲，一鼓作气消灭掉了海帕杰顿的幼体之后，才发现战斗并没有结束，后面即将面对的是更为棘手的对手，究极体的海帕杰顿。赛罗等人很快被海帕杰顿打败后，大河爬起来，发现 赛罗的帕拉吉手镯变成了石头，此时，前辈们走过来鼓励他不要放弃，有一种力量是超越身体极限后，才能够看到的。武藏也激励大河，他们站起大喊“真正的战斗，从此刻开始！”他们驱动了帕拉吉手镯，变成了更强的赛迦气息的赛迦奥特曼。春野武藏等人也因此合体变身成最强的战士—— 赛迦奥特曼，与此同时，赛罗的父亲赛文奥特曼，和初代奥特曼、杰克奥特曼、艾斯奥特曼、雷欧奥特曼一同赶来支援战场，帮助赛迦消灭海帕杰顿使用斯菲亚魔球召唤出来的安东拉、庞敦、布莱克王、贝劳克恩、泰兰特等怪兽或超兽。经过一番激战，赛迦在人类的帮助下，终于击败了海帕杰顿和 百特星人，奥特兄弟们也打倒了各自的宿敌，使得地球恢复了原本和平安定的日子。之后，高斯回到了行星朱兰，大河选择留在这颗被传说的英雄们拯救的地球，亲眼见证它的未来，开始了新的生活。赛罗也离开了大河，和赛文等奥特兄弟们一起回到了光之国。