游戏接续《红色警戒2》的剧情，讲述了尤里在逃脱盟国抓捕后，启动了大战期间悄悄搭建在全球各地的心灵控制器，企图控制全人类的心灵。不论是盟军还是苏联，此时反抗已经为时已晚，唯一的办法就是利用时间机器回到大战初期改写历史。战役依然分为盟军篇和苏联篇。如果玩家扮演盟军指挥官，最终能在南极活捉尤里，并将他终身囚禁在心灵隔离室中；如果玩家扮演苏联指挥官，苏军将抢夺时间机器回到过去，挫败尤里的阴谋，逆转了苏联战败的命运，最终征服地球，开始向外太空发展。游戏中沿用了原版的所有单位，但根据阵营的不同属性微调。游戏中兵种是最主要的单位。兵种分为3个级别，级别越高，战斗能力越强。一般兵种在各个阵营里都有如下表：游戏中盟军、苏联有自己的代表性兵种，全部沿用自原版的兵种。属性无变化。分为步兵、战车、战舰、飞机四类。游戏内的场景地图包括岛屿，山地，平原三种类型，玩家可以自行选择地图的条件以创建地图。场景地图全部沿用自原版。玩家在地图中作战，地图是该游戏的重要组成部分。地图分为山地、平地、水域3种，在部分地区可能有采矿场，玩家可以指挥采矿车到采矿场。玩家可以战斗开始前对兵种进行编队、规划路线。玩家一开始只有基地内的视野，并且没有小地图，必须要建造 雷达或者 空指部才能获得包含迷雾的小地图，单位探路和 间谍卫星、心灵感应器可以去除迷雾。除了裂缝产生器的效果外，迷雾一旦去除，永久可见。裂缝产生器所产生的迷雾只能通过单位探路去除，如果敌人来侦察，裂缝会在敌人视野中消失，在敌人离开后会重新制造裂缝。