宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠王大战，从而引发了宇宙大爆炸，随着宇宙大爆炸的能量旋窝，太空熊猫意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚姐弟俩以及六福星球的啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗、哼哼猪几个基因宝贝，大家一起搞怪卖萌 。天狼鼠王在宇宙大爆炸作用下变成了一块能量陨石跟随到了六福星球，后与黑晶鼠合体后变成了基因怪兽，能力大增，他将太空熊猫分身解体 。大家为了挽救太空熊猫的五个分身，一起穿越时空，跨越金木水火土五个空间，大战黑晶鼠和五大鼠王，历经一番苦战，最终获得胜利，告别基因宝贝六福星返回熊猫星球 。导演郑成峰在《太空熊猫》系列作品中特别加入了金木水火土五行元素，太空熊猫有五行分身，同时基因宝贝六福星与五大鼠王也有分别对应的五行对应关系，意在弘扬中国传统文化，这也成了太空熊猫诞生之初就决定使用金木水火木五种能量的决定性因素。设定方面，作品以“熊猫”为正派，以“老鼠”为反派，胜利者可成为熊猫，落败者则会被变为老鼠。本作品之中还加入了创作时期出现的流行元素如“ 有木有”等网络词汇以及 骑马舞，并增加了剧中人物与剧外观众的互动以及“对于自身角色身份以及导演安排的吐槽”，意在与时代接轨的同时增加影片的亲和力与趣味性 。此外，2016年由浙江宁波一坤数码科技有限公司推出的动画片《 生肖宝贝》角色名称及关系与本作品中的部分角色完全一致，后者有使用同一动画音乐且也有本作品导演郑成峰参与编剧，可能是后来推出的本作品的前情故事，但尚未有明确证据能证明其与本作品的关系。