時は慶長十九年。これまで豊臣政権の象徴とされてきた大阪城は、徳川家康（菅原文太）が出した『大阪冬の陣』の講和条件によって、すでに外堀までが埋め立てられ、さらに工事は豊臣秀頼との和議を無視して、内堀へと進んでいた。豊臣側劣勢の中で、徳川転覆を謀る真田幸村（高松英郎）は、信頼する配下の猿飛佐助（松方弘樹）と最後の賭けに出ようとしていた。それは、徳川軍が大阪城に攻め込む前に徳川総大将を討ち取ること、すなわち徳川家康の暗殺だった！ 真田幸村の右腕の猿飛佐助は、全国各地から選りすぐりの忍びを集めると、過酷な錬活修行によって忍びたちをふるいにかけ、残った者たちの中で密かに家康暗殺部隊を作ろうとした。だが、その中に潜入していた敵と、幻術使いである卍とその仲間の鉄丸の連携によって、幸村と佐助、そして集められた忍びたちは、絶体絶命の危機へと追い込まれていった。くノ一である柊が、その兄である亮太が、指南役の小助までもが、敵の魔の手に落ちていった。豊臣派の命運は、真田幸村、猿飛佐助とこの忍びたちに委ねられと言っても過言でなかった。そこに生きる誰もが、激しい嵐の真っ只中に立っていた。