長きに渡る戦いの中、亮太と指南役の小助の死は、佐助率いる『闇の軍団』に大きな打撃を与える事となった。そんな中、敵に捕われ殺されたと思っていた柊が敵の居所を掴んで戻ってきた。佐助は柊の口から、かつて死闘の末に殺したはずの幻幽斎の名を聞かされ戦慄が走った。一方、時を同じくして才蔵は、かつての幼なじみで殺されたと人伝に聞いていた卍に出会った。死んだはずでは……。不思議に思う才蔵に対して卍は、“こんど会う時は殺り合うときだ”と言い残し消えてしまう。天下統一。その裏に秘められた忍びたちの戦いは、親、兄弟、幼馴染を巻き込んだ悲しい結末へと向っていった。それが運命なのだろうか？ 佐助率いる闇の軍団は、いかにして戦いに挑むのか・・・。