1907年， 曼哈顿69号码头，从法国开来的大型轮船帕尔赛佛涅号缓缓驶入，轮船上全是最高级别的贵族。著名女高音克利斯汀·戴伊和她丈夫拉乌尔及10岁的儿子古斯塔夫同船抵达。克利斯汀这次将应邀在科尼岛新开业的歌剧院作首演。”故事从此开始，随着剧情的推进，人们发现新歌剧院的主人原来就是上集结束时消失了的“魅影”。上集中的芭蕾舞教师吉瑞夫人及其女儿梅格小姐当年成功地帮助“魅影”从巴黎歌剧院地下湖脱逃，辗转到了美国。梅格在“魅影”的调教下也成为了一名女高音歌唱家，她满以为新歌剧院开张第一个在舞台上演唱的必定是她。可是，克利斯汀的到来击破了她的梦想。“魅影”念念不忘10年前对克利斯汀的旧情，他甚至发现了克利斯汀儿子出生的秘密。新歌剧是为克利斯汀量身定做的。首演的当晚克利斯汀在舞台中央唱起了“魅影”为她写的主题曲《爱是慢慢成熟的》。梅格因为没有得到“魅影”的青睐，失望的带走了古斯塔夫。首演大为轰动，回到化妆间的克利斯汀看到桌上有一朵娇艳欲滴的红玫瑰，她明白了是“魅影”安排了这一切——发现孩子不见了，克利斯汀发疯似的到处寻找。梅格来到码头，内心一片混乱，痛苦之余她想拉着孩子一起跳海。“魅影”、克利斯汀和吉瑞夫人赶到，梅格掏出手枪对准“魅影”，悲伤地控诉他的无情。将古斯塔夫还给克利斯汀后，梅格准备举枪自尽，“魅影”力劝她要理智，但因最后因提到克利斯汀，梅格再度失控，错手打死了克利斯汀。“魅影”扑到克利斯汀身旁，深情地抚摸着心爱的人的脸庞。古斯塔夫仿佛长大了，他来到“魅影”身边跪了下来，轻轻地摘下“魅影”戴着的面具，久久地凝望着自己“父亲”的眼睛……