踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小光、小刚，路途上遇见了楚楚可怜的女性－艾莉丝，并一同前往即将举办神奇宝贝华丽大赛，象征「时空之塔」的白杨镇。 在白杨镇，出现了一个来历不明的神奇宝贝，让人们与神奇宝贝们昏厥并产生恶梦。镇里的名士艾伯特男爵，为了捕捉它而组成了讨伐部队，没想到，出现的却是神一般的梦幻神奇宝贝「达克莱伊」。 另一方面，艾莉丝的青梅竹马科学家－东尼欧，在白杨镇上发现了时空异变「时空的夹缝」，同时，被称为神的两只神奇宝贝「帝牙卢卡」与「帕路奇犽」也双双出现！ 绝对不能碰面的两只神奇宝贝，帕路奇犽与达克莱伊相遇之时，就连时空都为之撼动，为史上最大战斗拉开序幕！