得克萨斯州某地，一群男孩儿在玩耍，其中一个名叫史蒂夫的一不小心跌入山洞，但这一摔并没有使他受伤，而是让他发现了一堆白骨。就在他好奇地拾起一个骷髅看时，地上一滩仿佛具有生命力的黑油也正在悄悄逼近他，很快，史蒂夫周身就沾满了这种神秘物质。朋友们不停地朝洞内呼叫史蒂夫，但是没有回应。孩子们凝神向下望去，只见史蒂夫仰脸朝洞口望着，眼中呈现令人恐惧的黑色。达拉斯，美国联邦调查局的探员们正忙于应付一桩写字楼爆炸案，精明的穆德探员凭直觉在对街的建筑物中发现了置于饮料销售机中的定时器，但未及时拆除，发生了爆炸案。虽然搭档斯卡利及时救助，大楼爆炸时仍有三名消防队员和一个男孩丧生。 X档案：征服未来酒吧，一个自称克兹维尔的男子悄悄告诉穆德，这起爆炸案只是为了掩盖某种真相，并提到了一个与政府某此部门有着千丝万缕联系的神秘组织。该组织长期从事外星人研究，以期达到有朝一日利用外星人消灭人类控制地球的目的。现在，他们已掌握了外星人在冰冻状态下以病菌形式存活于人体内部的技术，这种病菌的传播将会导致人类的毁灭。穆德和斯卡利决心查清此事，他们溜进医院，找到一具达拉斯爆炸案遇难者的尸体进行解剖，结果完全出乎他们的预料。穆德和斯卡利顺着线索来到史蒂夫曾经跌进的山洞。他们惊奇地发现，山洞消失了，取而代之的是一个清洁别致的公园。看来，克兹维尔提到的神秘组织已经比他们先着一鞭。经史蒂夫的朋友们指点，穆德很快找到了填埋山洞的坦克，然而，眼前又出现了奇景：一片沙漠中竟然有一块玉米地和两幢发亮的圆顶白屋。走进屋内，他们发现了成排的箱子，箱中传出阵阵嗡嗡声。躲过蜂劫，穆德和斯卡利回到华盛顿，联邦调查局总部对他俩极为不满，强令两人终止调查。看来，华府中某些人已被惊动。但穆德和斯卡利决不轻易放弃伴随着调查的逐步深入，穆德和斯卡利之间的关系也日渐亲密，但就在两人亲吻的一瞬间，一只躲在斯卡利衣内的马蜂螫了她一口，斯卡利当即昏了过去。穆德找到了一位医生，对方却朝他开枪并劫持了斯卡利。 X档案：征服未来穆德历尽艰辛，一路寻至南极，不仅找到了奄奄一息的斯卡利，还在一艘外星人的太空船上发现了大批外星人的“病菌”形式存活于冰冻人体内。太空船上的仪器测出了穆德的到来，此进，外星人已发育完全，正欲破壳而出。紧要关头，穆德奋不顾身救出了斯卡利，将疫苗注入了斯卡利的体内，从而扩散到了整个孵化系统引起了系统的毁灭。这时从南极地下升起的巨大飞碟飞过二人的头顶，他们揭发神秘组织罪恶的唯一的证据，外星人太空船却永远消失了 。