深夜，苏州城里枪声大作，被日本宪兵队追捕的一个人爬上了博爱病院的围墙。一声枪响，他翻滚落下。博爱病院的医生周益，发现内科医生辛玉廷、花匠老方抬着伤员隐没在黑暗中，周益进办公室，向外挂通电话。辛玉廷、老方和病院护士沈虹把伤员藏在教堂顶部钟楼里。夜半，沈虹和老方偷偷入门诊部拿取伤员急需的药品，猛然间，周益出现在门口，沈虹惊慌失措，周益却托故离去。日本宪兵队特高课青木收到"四十五号"提供的新情报，决定立即搜查博爱病院。他们把医护人员、住院病人统统赶进教堂。青木发现了通往钟楼的梯子，命令上去搜查。翻译官丁彦提枪首当其冲，人群中沈虹恐惧地叫起来，青木下令逮捕沈虹，辛玉廷上前阻止，被一起抓走。丁彦冲上钟楼，却扑了个空。当天晚上，在老方的劝说下，主任医生谭玉甫为公务员做了手术。翌日早晨，周益祝贺谭做了一次成功的手术。在周益的询问下，谭玉甫把伤员枪伤的情况告诉了他。辛玉廷被释放回来，他 责备谭玉甫不该把情况告诉周益。傍晚，谭下班回家路上，被人绑架。青木要丁彦秘密处决谭玉甫，丁彦领命前往。一日清晨，一个戴墨镜的人来到特高课，向青木报告，周益就是要找的新四军。来人正是号称"帝国军人眼睛"的"四十五号"辛玉廷。地下党交通员吴嫂紧急通知周益，他已暴露，马上转移。周益请示地下党配合，带药撤退。周益找到被释放的沈虹，戳穿辛玉廷的假面具，并告诉沈虹，她已被敌人注意，应迅速随他转移到解放区。不料沈虹把这些又告诉了伤员。伤员持枪闯入教堂，逼住神父，拿起电话，接通特高课，报告了周益的提货地点和时间，要求配合行动，将新四军买药人一网打尽。特高课接电话的人丁彦，答应准时带人赶到。老方看到了发生的一切，急忙去找周益，迎面碰上辛玉廷，就把情况告诉了他。辛玉廷趁老方不备，一刀将他杀死。这场面恰好被路过的沈虹看到，她吓得撒腿就跑，辛玉廷穷追不舍。在这关键时刻，周益出现在辛的身后，击毙了辛玉廷，便飞速赶到新亚药房提货。周益正被伤员持枪相逼，丁彦带人赶到，逮捕了周益，让伤员带路，检查装船药品。上船后，丁彦突然夺下伤员的武器，原来他是我党 隐藏在敌人心脏的地下工作者。教堂的大钟响了，小船满载药品驶向远方。