前篇－－原水爆の実験による被害は、単に地球上のみに止まらず星世界にも及んでいた。そこで星世界では宇宙人会議を開いた結果、地球に実験中止の呼びかけのために使者を出すことにした。エメラルド彗星のスーパージャイアンツが選ばれた。彼は鋼鉄の体を持っている。群星を縫って遥か地球に向い超音速で飛んで来たジャイアンツは、地球到着間際に嵐で遭難した旅客機を救ったが、彼の腕にはめた地球計のガイガーが無気味に鳴った。その機内には日本に向うメラネシヤ経済親善使節団の一行が同乗していたが、その中の一人の鞄の中に原爆用Ｘ14ウラニウムが入っているのだ。これを知ったジャイアンツは、羽田から高級車に乗ったその男の後を追った。ジャイアンツの尾行に気づいたその男は、ある空地に車を止めピストルを発射したが、弾は空しくジャイアンツの胸ではね返るのみであった。その間に、この争いを物蔭でみていた数人の子供たちが自動車の傍らに投げ出された革鞄をひろって逃げた。イマヌエル教会の附近まで逃げて来た子供たちは嵐の如く音もなくそこに姿を現わしたジャイアンツに驚きの眼をみはったが、優しいジャイアンツといつか仲良しになった。その時、夕飯の用意が出来たとイマヌエル教会から子供たちを呼びに来た敏子は、弘の姿がみえぬのに気づいた。ジャイアンツは弘があの男に誘拐されたことに気づくと、元の宇宙人の姿に変わって空中に舞上り、メラネシヤ大使館に監禁されていた弘を救い出した。だが、その頃、イマヌエル教会では、神父をはじめ敏子や子供たちがアトムＡＢ団の乾分たちに革鞄の在りかを白状しろとピストルをつきつけられていた。後篇－－弘を助けて教会に帰って来たジャイアンツは、敏子から革鞄がアトム団によって持ち去られたことを聞くと、その跡を迫って空を飛び、やがてアトム団の疾走する自動車に追いついたが、運転している男が何者かに殺され、革鞄の姿は消えていた。メラネシヤ大使の告発でジャイアンツが殺人の容疑者にされた。だが、警視庁の岡本刑事は大使の告発に不審な点があると、大使館を秘密裡に捜査することになった。一方、アトム団は秘密の発覚を恐れ敏子を観音岬の本拠に拉致し、教会に神父と子供たちを監禁した。その頃メラネシヤ大使館では日本との親善パーティを開き政府高官を招待して、その席上ボース爆弾の完成を発表して日本に無条件降服をさせようと計画した。その間、岡本刑事は教会を脱出し助けを求めて来た正雄の言葉からアトムＡＢ団はメラネシヤ大使の組織する陰謀団であることを確認した。パーティの日、岡本刑事らは大使館を厳重に警戒した。その頃、メラネシヤ大使はボース爆弾の完成を発表し驚く日本の大臣たちに無条件降服を命令しているところに、ジャイアンツが現われＸ14ウラニウムと機密設計図を取出し、ボース爆弾の完成を阻止したと宣言した。ヘリコプターに乗って逃げるアトム団を追ってジャイアンツは敵の本拠に乗込み、敏子を救い出すと共にアトム団を撲滅した。そして、世界平和のために原水爆を持っている外国に使用禁止の話合いに行く使命が終ったら、再び必ず日本に戻ってくると敏子や正雄たちに約束して美しい夜空の星の彼方に飛び去って行った。