这是一个魔女和人类共存的世界，当局所罗门组织了一支名为STN的行动部队，用以监视和猎捕会对人类造成威胁和伤害的魔女。罗宾（渡边明乃 配音）就是行动队中的一员，她本身亦是法力高强的魔女。当局将罗宾从欧洲派到了日本，参加猎捕魔女的计划。随着时间的推移，罗宾渐渐开始对自己正在完成的事业产生了怀疑，她的搭档亚门（竹若拓磨 配音）对自己的态度一直不冷不热，与此同时，罗宾意外得知，亚门残酷的猎捕了他的前一任搭档，这令罗宾感到自危。与此同时，罗宾意外获得了及其强大的魔力，这让她的战斗力陡升，使其成为了所罗门重点防患的对象。 一旦魔女力量觉醒，只要所罗门认为是危险的，就会对其加以捕猎。所罗门属下有一个行动部队名为STN，其主要任务就是对没有接受管理的魔女犯罪者进行捕捉和抹杀。STN为了加强战斗力而培养了一批魔女及seed，派驻世界各地的STN分部协助魔女的捕猎工作，少女濑名罗宾就这样被欧洲总部派到了日本的STN-J分部，以接替亚门搭档凯特的名义（凯特已被逮捕并死亡）。表面上做魔女猎人的工作，实际任务是追查魔力的奥义的下落。一般传统做法上魔女的捕猎是指肉体上的消灭，但Robin来到日本照再后发现这里并不将对象杀死，而只是捕获，然后交给一个秘密组织——法库里特（即工厂）处理，并称之为人道捕获。而且STN-J使用一种神秘的绿色液体——欧鲁波，它能有效抑制魔女超能力的影响，也可以装在气压手枪里用作压制魔女的得力工具。随着捕猎工作的进行，Robin的witch能力大为提高，但同时她也发现身边的疑团越来越多。开始是搭档亚门对自己的冷淡，据传说自己的前任魔女猎人就是被亚门捕猎的，自己会不会有同样下场呢？后来在墙城遇到了一个据说已活了千年之久的魔女，并从她手中继承了魔力的奥义，魔力达到能将人瞬间气化的地步。结果不但Robin自己被所罗门本部判定为危险人物遭到捕猎，STN-J也受到攻击，并被取消了使用欧鲁波的权利。逃脱捕猎的Robin在STN-J的伙伴们的帮助下展开调查，发现了更多内幕。首先是所罗门和法库里特组织的不合明朗化，法库里特打算继续改良欧鲁波，加大效力，使普通人也能使用欧鲁波来捕猎魔女，而所罗门本部虽然没表示反对，但也没有支持他们。欧鲁波不仅降低witch的能力，也会降低witch hunter的能力，另外Robin发现法库里特和所罗门所发布的捕猎对象名单并不仅仅是犯罪的魔女，只要是被认为“有危险”或“无法控制自己的能力”的魔女都会被捕猎，大家开始对自己以往的工作产生了疑问。乃钻牛询随着调查深入，Robin的身世渐渐浮现，更意外的发现了神秘的欧鲁波的来源……魔女猎人本身是魔女，但又在为人类服务，从事捕猎其他魔女的工作。这个世界上为数本来就不多的种族中的一员，抹杀其他的魔女等于在灭亡自己的同类，另一方面他们又希望通过捕猎工作获得人类的认同，这种感情上的矛盾贯穿整部动画。另外所罗门、法库里特、 日本警视厅之间的矛盾去和巩棵也被浓缩在了小小的STN-Japan分部，使得人们之间的关系变得更加微妙。除了精彩的故事情节外，精美的人物、环境设定也是本片的一大看点。无论是STN-J分部、法库里特的总部、STN-J猎人们常去的酒吧，以室内设计来项炼拳看都是很有特色的一流作品。