在这个世界，每一个人都有着拥有相同的样貌的另外两个人，为了生存而共有、分担着“运”与“生命力”等被称为“容量”的能量。而三个人中，一个为容量最为强大的“根源”，其余两人为容量较弱的“填补者”。当“填补者”的两个人相遇，他们会因为事故、生病等原因而死去，剩下来的“根源”会吸收“填补者”的容量，变成任何方面都完美的“主根源”，就能过上幸福美满的生活。这就是在这个世界上支配着所有人类的被隐藏的真理——“三位一体系统”。在这个世界上，还存在着一种生物，他们维持着“三位一体系统”、监视着世界、保持“容量”的平衡以及维持着“共存均衡”，他们在身体能力、寿命等方面都远远超过人类，以部族的形式生活在人类并不知晓的圣域“清净之地”中。他们的名字是——“元神灵”。这是一个人类少年·庆太和“元神灵”少女·黑从相遇到并肩作战的故事。