在前传《李卫当官》中，李卫由一名街头小混混，变成了一代名吏。在《李卫辞官》剧中，一开始雍正已逝，乾隆即位。这个二十几岁的皇帝，可以说是集造化于一身。雍正在短短的十几年中，扭转了大清的颓势，积累了大量的财富，加上登基后一路的风调雨顺，在乾隆成为帝王之初，天下便已有了盛世的景象。乾隆携此声势，兼秉慧根，聪明绝顶，虽然年纪轻轻，但已经拉起了盛世君王的架子。有道是一朝天子一朝臣，登位之初，乾隆对李卫一点儿也不喜欢，尤其看不惯李卫身上的混混气。碍于是前朝老臣，能留给几分面子就已经不错了。而这时的李卫，年华虽老，但经过几十年的历练，已是洞明而老辣。而乾隆又是他在雍亲王府里看著长大的，知道这个新皇帝和雍正的行事为人全然不同。看透了人情世故的李卫厌烦于官场周旋，虽贵为封疆大吏，却不脱玩世不恭的老顽童性格，剧情就围绕这样一组少君老臣的关系展开。该剧由五个接连发生的事件组成，如：乾隆为八叔、九叔平反所引起的灭门惨案与政治风波，海关道走私牵涉江南四省三十六道的滔天大案，科场泄题事件与后宫争宠的纠缠不清，风流天子和女刺客之间的一场春梦引出的前朝恩怨，还有太后奉迎佛骨却造成西北剿匪的一波三折……在这些事件中，年轻的乾隆由于经验不足，往往事与愿违，越想展示自己的才华，越是常常陷入尴尬。而李卫一心想辞官归里，可越想躲越躲不过，还因为他的老辣和老道，将一件件棘手的难事办得滴水不漏，每次帮乾隆保住了面子，于是别人想爬爬不上去的，李卫却想下还死活下不来。乾隆面对李卫是很矛盾的，既不喜欢他又不能不用，当最讨厌李卫的时候，恰恰李卫办出了漂亮的事；当想重用李卫的时候，李卫却自己往后退，一再递上辞官摺子，令乾隆气也不能恨也不是。李卫面对乾隆，也是无可奈何，由于有一层君臣的名分，大水漫不过鸭子。面对乾隆的华而不实、心高气盛的作为，也常常有戏弄之举，由于行事老道，分寸火候拿捏得让谁也说不出什么。