话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟，它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠。一次偶然机会，它们救了一名正义的电视女记者，她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人。在多次行侠仗义后，他们与城市里的一个神秘组织结怨。这个组织招募了很多无知的青少年，教他们功夫，同时也指示他们做坏事。在神秘组织的一次突袭后，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。这个时候，女记者的上司又抱怨儿子经常夜不归宿。原来他也已经参加了那个组织。而在看到神秘组织领导对待老鼠老师的凶残后，少年跑来通知了忍者龟，并告诉了他们神秘组织的藏身地。而老鼠老师这个时候也听出，那个总是戴着面具的神秘组织头目，就是多年前在日本杀死自己主人的坏蛋。最终，忍者神龟们齐心合力，救出了自己的老师，彻底粉碎了神秘组织，而他们，也成为了少年们心中的英雄，成为了他们的新偶像。忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处，但史莱德同时也发现这一秘密，于是他们之间又展开了新一轮的战斗，而忍者神龟们也在战斗中得到了提高！忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本，他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵，并夺回魔杖拯救纽约市！话说在纽约市的下水道之中，居住着四只功夫高强的忍者神龟，他们夜间出动，除暴安良，成为了城市英雄。不过，英雄传说如今只是街头小料，在几经周折打败了老对手--大恶魔施莱德之后，亲如一家的忍者神龟们却渐渐疏远，就差没四分五裂了。与此同时，神秘的黑暗力量在似乎又开始在纽约城蔓延，神龟们的忍者老师鼠先生，越来越为此担忧。原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，为了弥补自己在3000年前犯的错误，试图抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召唤出来的13只魔兽送回去，而温特斯的四个兄弟（石人）却想召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约脚帮，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。事到如今，只有一支超级忍者战斗队能阻止邪恶势力，拯救地球！超级忍者鼠老师和唯一留在下水道大本营的李奥纳多，必须重新齐集神龟伙伴--米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔，在老朋友艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯的相助下，上天入地，再显神龟英雄本色！几代神龟大集合，这最后的辉煌一闪，只有陪它一路走来的人才懂得。