接续上集赛德克人发动公学校冲突事件，致使日人遭遇殖民占领以来最大的统治危机后，日本驻台陆军少将镰田弥彦衔命调动高达三千名以上的军警，挟以山炮、机枪等优势武力，联合前往雾社讨伐。另一方面，原先对部落友善的巡查小岛源治，也因自己的妻儿在运动场上死于非命，愤怒痛苦地完全失去理智，而强迫莫那·鲁道的世仇、屯巴拉社头目铁木·瓦力斯出兵，协助日人打这场毫不擅长的山区游击战。然而，世代山居的赛德克人熟悉当地绝壁地势，导致增援的日军部队始终久攻不下，伤亡无数。眼看清剿不力，日军于是改以派遣飞机投掷毒气弹，形成了原住民以猎枪、柴刀、木棍等原始武器，对抗飞机、大炮的局势。经过近一个月的激烈对峙，抗日族人死伤惨重；赛德克妇女此时也为了使自己孩子、丈夫无后顾之忧，于是纷纷先行上吊自缢；残存的男人们则在脸孔纹上赛德克记号，誓死抵抗、宁死不屈。原本发誓要一天拿下雾社的镰田弥彦，至此也不得不衷心佩服莫那·鲁道的骁勇善战，深深感叹：“三百名战士抵抗数千名大军，不战死便自尽……为何我会在这遥远的台湾山区见到我们已经消失百年的武士精神？……是这里的樱花开得太红艳了吗？”为了灵魂自由，不惧牺牲战死的赛德克人与勇士，越过彩虹桥、回归祖灵的旅程也于焉展开……