在忍之谷附近的一個山洞，發現不明物體似向某個地方傳達訊息...另一邊在疾風流忍術學校忍風館，館長日向無限齋為應付五百年一次的忍術比試，開始教導眾學員。突然間發生地震，結界被破壞，宇宙忍群邪暗者出現並將所有疾風流學員殺光。幸好無限齋的女兒朧把殘存的三名學員鷹介、七海及吼太救出，並任命他們成為傳說中的繼承人破裏劍者。 邪暗者為了得到「那個」，破裏劍者便阻止他們。在戰鬥期間出現了兩名神秘戰士，他們自稱為轟雷者，原來是另一派迅雷流生還的霞兄弟，但是他們憎恨疾風流並以他們為敵。為了達到邪暗者同一目的，於是不斷刁難破裏劍者。後來他們因被利用而忿忿不平，在得到鷹介三人體諒，最終兩大流派一起聯手對付邪暗者，並成功消滅其中一名宇宙忍者。 五位忍者戰士受了中忍一擊，生命危在旦夕，接近死亡邊緣之際，身份不明的綠之光彈手裏劍者及時出現救活他們，他的出現同時引申出他的主人宇宙統一忍者流的始祖覺羅。所有宇宙忍者被擊敗， 其後「那個」迫近，鷹介及忍者們全力去阻止地球變成黑暗世界。 經歷戰事過後，這班年青忍者明顯成長了，忍術學校的畢業典禮順利完成