在电影开始时，进取号-A的船员们正享受着一场悠闲的度假。新命名的进取号因为试航时表现不佳，正停靠在 地球的 太空港中进行整修。在 约塞米蒂国家公园中，詹姆斯·柯克舰长面临着两个挑战：攀登埃尔凯皮顿山，以及让 史波克上校学会唱露营歌曲。不幸的是，他们的休假被一场突如其来的紧急任务打断：船员们被派遣到荒凉的尼姆巴斯III星上去营救被劫持的人质。一名克林贡中校克拉了解到了进取号的任务，决定追赶进取号以捕获并杀掉柯克。他的行为没有得到克林贡政府的授权，同时，他也仅仅是为了追求作为一名战士的个人荣誉。进取号抵达了尼姆巴斯III星，船员们发现绑架者是一名受情感支配的 瓦肯人赛波克——也是史波克的同父异母兄弟，他绑架了 克林贡、 罗慕伦与 联邦的代表。赛波克绑架这些人的目的是为了抢占一艘星舰，因为三名人质的政府肯定有一方要派人来营救他们。然而赛波克并非恶徒，他运用独特的心灵能力帮助他人战胜自己情感上的创伤，并以此获取了同伙们的信任。以其能力卸下进取号大部分船员抵抗的赛波克的目的，是打算穿位于银河中心的危险能量区域大屏障，拜访位于其中的一个神秘实体。赛波克声称他预感到了实体的存在，并执意循着自己的预感去寻找，以求直接感受到实体的智慧与力量。在航程中，赛波克向持续反对他的柯克、史波克和麦科伊展示自己的能力，表示愿协帮三人释放心中的痛苦，但柯克坚信过去的痛苦与失败是萃炼出自己的人格的一部分，成功拒绝了赛波克的劝诱。赛波克成功引领进取号穿过未曾有人成功穿越的大屏障，来到一颗神秘的行星沙卡里。柯克、史波克、麦科伊决定协助赛波克，一同乘坐穿梭机登陆，并与那位神秘的实体接触。一开始，这个实体表现出 上帝般的庄严，衪询问这群探险者来到这里的方式，并在知道进取号的存在时要求登船以“将它的力量散布到全宇宙”。但当充满怀疑的柯克问到实体的动机时，他变得暴怒起来。在意识到“实体”的邪恶本质后，赛波克牺牲自己拖住了这个恶魔；但当柯克等人等待进取号的传送时，进取号却遭到一路尾随而来的克林贡战舰突袭，所幸让史波克说服克林贡大使：命令尾随进取号进入大屏障的克拉去营救柯克而非杀掉他。