一核爆灾难，令人类陷入噩梦深渊，物质固然变得短缺，水源更因辐射污染而不能饮用。明对这场大灾难，纵有一身本领的东方三侠，女飞侠东东 （梅艳芳饰）、陈三 （杨紫琼饰）、陈七 （张曼玉饰）都显得无能为力。东东自诞下女儿东晴，就已放弃了女飞侠的身份，甘愿只扮演妈妈、妻子的角色。陈三领着陈九以从事义务工作，心想能为人群尽一份力。陈七倒改变不大，继续过她的为金钱而活的日子。不同的取向，加上环境的冲击，三个女侠的友谊正面临考验。此时，拥有净化水源系统的黑武士 （黄秋生饰），控制了整个城市的经济命脉，正逐步策划倾覆政权的大阴谋。许多人都在不知不觉间成了他的棋子。外貌俊美、心底善良的长空 （金城武饰）早被黑武士捧成人民反政府的精神领袖。当长空自觉要向爱戴自己的人民揭露黑武士的阴谋时，黑武士早决心要毁了他。陈七阴差阳错成了黑武士的另一个棋子，曲折间，更累及东东丈夫刘启文 （刘松仁饰），令其被诬告成为杀死长空的凶手，其亦因此而遭杀害。陈七内疚不已，但已追悔无从，指望能向东东做出补偿。东东虽然知道陈七只不过是被利用的一个，却不能停止自己对七的愤恨。